A história da Afece começou há 42 anos, quando um grupo de senhoras da sociedade curitibana fundou a Associação Feminina de Educação à Criança Excepcional, em setembro de 1967. A proposta inicial era apenas atender algumas crianças com deficiência mental. A partir de 1975, a associação assume a manutenção do Centro de Dia São Francisco de Assis.

O espaço era limitado e em junho de 1997 a entidade conquistou sua sede própria, situada até hoje na Rua Simão Bolívar, 1366, no bairro Hugo Lange, em Curitiba. Um ano depois, por determinações da lei 9.394/96, o Centro de Dia passou a ser chamado Escola de Educação Especial São Francisco de Assis. E, em setembro de 2000, a mantenedora Afece passa por alterações de nome e estatuto, mantendo a mesma sigla, com o significado de Associação Franciscana de Educação ao Cidadão Especial, atendendo a crianças, adolescentes e adultos.

A cada dia mais pessoas buscavam o apoio da Afece para obter informações e para matricularem seus filhos. E a sede, onde funcionava tanto a escola quanto a parte administrativa, não comportava mais a estrutura necessária para um bom atendimento. Em 2002, a ONG conquistou um terreno de 10.560 m² no bairro tarumã. O desafio passou a ser a construção, iniciada em 2004. Hoje, a parte administrativa já está pronta e funciona no local.